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卵巢癌轉移體細胞突變及其相關功能通路分析
關鍵詞：卵巢腫瘤 體細胞突變基因 卵巢轉移 基因調控網絡
摘要：目的借助癌癥體細胞突變目錄(COSMIC)數據庫中原發性卵巢癌和轉移性卵巢癌兩類癌組織的全外顯子測序數據,篩選轉移性癌相對于原發性癌突變率差異具有統計學意義的體細胞基因群,并對其影響的功能和信號通路進行分析。方法從COSMIC數據庫下載全部腫瘤的全外顯子測序數據,從中提取全部卵巢癌全外顯子測序數據,在R 3.5.3環境下,對每個基因突變在原發性卵巢癌和轉移性卵巢癌兩類樣本中的突變率行χ2檢驗或Fisher確切概率法分析,尋找突變率差異具有統計學意義的基因群,并進一步將差異突變基因群進行基因本體(GO)功能及京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析,探尋其顯著富集的GO功能和KEGG通路。結果對比原發性卵巢癌與轉移性卵巢癌兩類組織樣本共發現520個突變率差異具有統計學意義的體細胞突變基因,包括跨膜絲氨酸蛋白酶13(TMPRSS13)、高爾基蛋白轉運抑制劑A抗性因子1(GBF1)、Fos樣抗體2(FOSL2)、主導控制樣蛋白3(MAML3)等。突變基因群GO功能富集分析發現顯著富集的GO功能包括突觸前組織、樹突發育、通過質膜黏附分子的細胞黏附、肌動蛋白結合等,突變基因群KEGG通路富集分析發現顯著富集通路包括肌動蛋白細胞骨架的調節、三磷酸腺苷結合盒運載體等。結論探尋原發性卵巢癌與轉移性卵巢癌之間差異體細胞突變基因群及其相關功能通路可為深入揭示卵巢癌的轉移調控機制提供線索,顯著突變基因群可能成為卵巢癌轉移診治的生物標志物。
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