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基于SLAF-seq技術的古茶樹SNP位點開發
關鍵詞：古茶樹 snp位點 高通量測序 分子標記
摘要：為給古茶樹遺傳圖譜構建、分子輔助育種和物種進化等研究提供參考,以48份貴州古茶樹種質為研究對象,利用SLAF-seq技術,獲取大量多態性SLAF標簽,進而開發一批特異性強、穩定性高的單核苷酸多態性(SNP)位點。結果表明,利用獼猴桃參考基因組進行電子酶切預測,選擇HaeIII酶進行酶切,得到237773個SLAF標簽,其雙端比對效率為91.40%,酶切效率為96.41%,說明SLAF建庫正常。測序后各樣品所獲得的讀長數為1279534~8460233,測序質量值Q30范圍為92.61%~94.88%,均值為93.84%,測序獲得的GC比例為43.52%~47.18%。共開發1656258個古茶樹SLAF標簽,樣品的平均測序深度為24.21×,其中多態性SLAF標簽有462897個,根據所獲得的多態性SLAF標簽來統計SNP位點信息,共得到2690638個群體SNP標記,根據完整度大于0.8且次要基因頻率(MAF)大于0.05的標準進行過濾,得到283376個高一致性的群體SNP標記。
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