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基于RNA-seq數(shù)據(jù)鑒定蘇姜豬肉質(zhì)性狀相關(guān)基因
關(guān)鍵詞：蘇姜豬 肉質(zhì)性狀 背最長肌 腿肌 候選基因
摘要：試驗通過對蘇姜豬背最長肌和腿肌進行轉(zhuǎn)錄組分析,旨在挖掘影響蘇姜豬肌肉肉質(zhì)性狀的候選基因。選取90和180日齡蘇姜豬各3頭,利用RNA-seq技術(shù)對90日齡蘇姜豬背最長肌、180日齡蘇姜豬背最長肌和腿肌進行測序,對差異表達基因進行GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析。結(jié)果顯示,180日齡蘇姜豬背最長肌和90日齡蘇姜豬背最長肌中有1 655個基因差異表達,其中474個基因表達上調(diào),1 181個基因表達下調(diào),GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn),474個表達上調(diào)基因主要參與肌肉纖維、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、鈣信號通路、MAPK信號通路、胰島素信號通路、FOXO信號通路等生物學功能,1 181個表達下調(diào)基因主要參與免疫、造血、溶酶體、綁定、酶活性等生物學功能;180日齡蘇姜豬背最長肌和腿肌中有383個基因差異表達,其中70個基因表達上調(diào),313個基因表達下調(diào),GO功能和KEGG Pathway顯著性富集分析發(fā)現(xiàn),70個表達上調(diào)基因未能顯著富集,313個表達下調(diào)基因主要參與細胞分化增殖、肌肉發(fā)育、細胞外基質(zhì)、cGMP-PKG信號通路等生物學功能。本試驗獲得了蘇姜豬背最長肌和腿肌組織的轉(zhuǎn)錄組信息,篩選出6個與蘇姜豬肉質(zhì)性狀相關(guān)的候選基因:FOXO1、FOXO3、FOXO4、MYF6、A-FABP和H-FABP,為深入研究蘇姜豬肉質(zhì)性狀的分子機理奠定基礎(chǔ)。
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