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基于高通量測序的西洋參根際土壤細菌群落分析
關(guān)鍵詞：西洋參 16s rrna基因 連作障礙 微生物群落
摘要：目的:研究健康西洋參和患根腐病西洋參的根際土壤細菌群落結(jié)構(gòu)變化,為研究西洋參根腐病的發(fā)生機制及其調(diào)控技術(shù)提供依據(jù)。方法:以未種過西洋參的土壤(C組)、新茬地4年生健康參根際土壤(N組)、新茬地4年生根腐病參根際土壤(R組)和輪作地4年生健康參根際土壤(LN組)為研究對象,采用Illumina Miseq高通量測序技術(shù)分析了土壤細菌群落結(jié)構(gòu)的變化。結(jié)果:12個土壤樣品基因組經(jīng)16S測序共獲得有效序列695 263條,用于物種分類的OTUs 8 081個,涵蓋了30門、86綱、115目、256科、464屬。在屬的水平上,4個組細菌群落組成及相對豐度差別很大,其中芽胞桿菌屬(Bacillus)、鞘氨醇單胞菌屬(Sphingomonas)和芽單胞菌屬(Gemmatimonas)可能是西洋參生長的有益菌,而假單胞菌屬(Pseudomonas)和鞘脂菌屬(Sphingobium)可能是引起西洋參根腐病發(fā)生的關(guān)鍵菌群,后續(xù)研究應(yīng)重點關(guān)注。結(jié)論:健康西洋參和根腐病西洋參根際土壤及新茬地和輪作地西洋參根際土壤中微生物組成和結(jié)構(gòu)均具有顯著性差異,本結(jié)果對于探究西洋參根腐病發(fā)生的微生態(tài)機制和改良種植西洋參土壤微生物具有理論指導作用,為建立西洋參與主要農(nóng)作物的合理輪作制度提供實驗數(shù)據(jù)。
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